Algumas evidências sustentam a ideia de que as espécies sofreram mudança ao longo do tempo, tais como:
• Fósseis: os fósseis são restos ou vestígios de organismos que viveram no passado e foram, de alguma forma, preservados. Ossos, carapaças, conchas, dentes, troncos e pegadas, por exemplo, podem ser encontrados preservados, nos dando pistas de como era a fauna, flora e o ambiente no passado daquela região
Órgãos homólogos: os órgãos chamados de homólogos são aqueles que possuem origem embrionária semelhante, apesar de nem sempre exercerem a mesma função. Observando os membros anteriores de seres humanos, cães e baleias, por exemplo, percebe-se que todos apresentam o mesmo padrão de ossos, porém esses membros desempenham diferentes funções, as quais se relacionam com o ambiente em que cada animal vive. Essa semelhança indica que esses animais compartilharam um ancestral comum.
• Órgãos vestigiais: são órgãos que perderam sua função ancestral e, muitas vezes, encontram-se reduzidos. Um exemplo são pequenas pernas que podem ser observadas em algumas espécies de serpentes.
• Evidências celulares e moleculares: a nível molecular e celular, os seres vivos apresentam características que permitem observar a ancestralidade. O macaco bonobo, por exemplo, apresenta mapa genético 98,7% igual ao do homem, o que indica que eles compartilharam um ancestral comum.
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